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如需要處理的水質低于國家標準時，如色度高于15度，濁度高于5度，含鐵量高于0.3毫克/升，先采用其它凈化和過濾等方法，使其凈化達標后用紫外線殺菌設備。
② 定期檢查，確保紫外線燈的正常運行。紫外線燈應持續處于開啟狀態，反復開關會嚴重影響燈管的使用壽命。
③ 紫外線殺菌器應定期清洗：根據水質情況，紫外線燈管和石英玻璃套管需要定期清洗，用酒精棉球或紗布擦試燈管，去除石英玻璃套管上污垢并擦凈，以免影響紫外線的透過率，而影響殺菌效果。
④ 紫外線殺菌器燈管的更換：進口燈管連續使用9000小時，或一年之后，應更換紫外線燈管，以確保高殺菌率。更換燈管時，先將燈管電源插座拔掉，抽出燈管，再將擦凈的新燈管小心地插入殺菌器內，裝好密封圈，檢查有無漏水現象，再插上電源。注意勿以手指觸及新燈管的石英玻璃，否則會因污點影響殺菌效果。
⑤ 預防紫外線輻射：紫外線對細菌具有強大的殺傷力，使用不當也會對人體造成傷害，啟動時，避免對人體直接照射，可使用防護眼鏡，不可直接用眼鏡正視光源，以免傷害眼膜。